Магистерская программа «Системные исследования» готовит специалистов высокой квалификации, способных выполнять теоретические и прикладные исследования в области технологий системного анализа и искусственного интеллекта. Основной задачей программы является ознакомление студентов с новейшими результатами и современными методами исследований в области системного анализа и искусственного интеллекта за счет вовлечения магистров и аспирантов в научные исследования, выполняемые сотрудниками кафедры. Выпускники данной программы владеют теоретическими основами системного анализа; знаниями методов оптимизации, моделей и методов оптимального управления, системного моделирования поддержки процессов принятия решений; теоретическими основами криптографии; знаниями методов защиты информации, моделей и особенностей возможных угроз, способов доступа к информации в информационных системах.